allora, non so bene cos'hai fatto tu o se e' merito del codice originale del template, ma in questa situazione hai effettivamente abbassato quello che chiami top menu ma, guardando il codice, parte del problema e' che il top menu non e' dentro l'header, come invece dovrebbe essere per ottenere che si posizioni correttamente sulla banda verde, senza sovrapposizioni.
Il tuo top menu, come dichiarato nel css, continua ad essere posizionato sotto all'oggetto flash
Per sopperire a questa situazione hai dovuto inserire (tu o chi ha fatto il template) dei valori negativi come posizione il che pero ti porta si ad avere la visualizzazione formalmente piu o meno corretta.
ma (si, purtroppo ma) se ti trovi con una distanza sbagliata (in questo caso causata dall'height dell'header) e provi a correggerla si sposta tutto coinvolgendo dei valori negativi e varie sovrapposizioni.
Mi rendo conto che e' complicato spiegato cosi (ma non so come essere + chiara) e, soprattutto, penso che per sistemare la cosa tu debba mettere seriamente mano al css (e anche un po all'html x inserire il topmenu nell'header), ottenere dei div ordinati ed allineati (e in alcun modo sovrapposti) e a questo punto non ti dovrai affidare all'interpretazione del browser ma potrai modificare le distanze semplicemente giocando con le misure in px.
mettiamola cosi, e' un lavoro stimolante, tutto di analisi, ed un ottima palestra!