Da ciò che ho visto io Joomla ha decisamente migliorato l'accessibilità complessiva, anche se mancano alcuni strumenti base, quali un sommario visibile solo agli screenreader o ai browser testuali, visualizzazioni alternative (skin) tipo: "solo testo", "alta visibilità" ( per ipovedenti) ecc. ecc.
I template che fanno al caso tuo sono quelli xhtml, tuttavia i moduli di joomla ( come quelli di mambo) talvolta producono tabelle html che come sai sono decisamente out per l'accessibilità.
insomma la strada è in salita, bisognerebbe recuperare il lavoro già fatto ( esisteva una versione xhtml votata all'accessibilità per Mambo) e ricominciare con Joomla, le premesse ci sono tutte, manca chi ci lavori...