Il modulo menu utente corrisponde a mod_mainmenu che è il menu base predefinito in joomla. I menu normali fanno anche riferimento a mod_mainmenu, quindi se modifichi manulamente quel modulo, ti si modificano anche gli altri menu che usi nel sito (e meno che non conosci bene php).
Potresti ovviare usando un altro tipo di menu, per esempio ti scarichi superfish menu dal jed e lo imposti come menu utente. Esso farà riferimento a mod_superfishmenu, modifichi quello senza toccare gli altri.
