lo immaginavo. quindi, come volevasi dimostrare, il problema non dipende dall'htaccess, che, semmai ti avrebbe dato un errore di tipo 500, non un parse che è tipicamente di un file php.
Se, adesso, riuscissi a ricordare che diamine hai fatto, oltre che attivare il seo ...
Suggerimento: ricarica tutti i file del core di joomla, come prima cosa