la guida è semplicemente perfetta.
Metti off line il sito e li lo lasci. Esci dall'amministrazione del sito e, per il momento, non ci torni.
Scarichi con phpmyadmin il tuo database, ricordandoti di selezionare, quanto meno "if not exist". Visto che già ci sono tabelle con il prefisso che vuoi impostare, seleziona pure "drop table".
Con notepad++ fai un cerca/sostituisci: jos_ con il nome che vuoi (poniamo jot_) non dimenticare l'underscore alla fine.
Ti accerti che tutto sia in utf8. Vai sul menu "formato" e vedi che formato ti viene indicato. Se non è utf8 senza bom, seleziona tutto (è superfluo, ma meglio abbondare) e poi (indispensabile) converti a utf8 senza bom.
Ti accerti che il charset dichiarato sia utf8_general_ci. Se così non fosse, fai un cerca/sostituisci da latin1_swedish_ci a utf8_general_ci.
Ti accerti che la collazione sia utf8.
Se fosse "latin1", sostituisci con utf8.
Importi il database in remoto. Entri in amministrazione del sito,svuota la cache e vai in configurazione.
Nella scheda "server", alla destra, troverai "configurazione database". La quarta voce è "prefisso database". Cambia jos_ con il prefisso che hai inserito.
Il sito ti butterà fuori. Riaccedi con la tua user/password.
Dopo aver controllato che tutto va bene e non ci sono disastri, riavvia phpmyadmin. Seleziona una per una tutte le tabelle con il prefisso jos_ e poi clicca su "elimina".