Prima di tutto verifica in Gestione moduli se ci sono ancora i moduli.
Probabilmente i template che hai caricato hanno delle posizioni modulo diverse da quello predefinito di Joomla, per questo non vedi i moduli.
Devi semplicemente pubblicare i moduli nelle posizioni modulo che ha il template che stai visualizzando.
Per capire quali posizioni modulo hai a disposizione, vai in Gestione template, clicchi sul template che vuoi utilizzare e poi sul pulsante Anteprima.
Una volta capito quali posizioni hai a disposizione, da Gestione moduli clicchi sul modulo che vuoi fare apparire e tra i parametri trovi Posizione, dal menu a tendina selezioni la posizione scelta e salvi.