Ciao, premetto che sono un principiante e che forse il modo in cui ho risolto il problema non e' il piu elegante.
Io, a suo tempo, avevo creato il mio logo e l'avevo rinominato con lo stesso nome del logo del template che avevo scelto.
1. Scompatta il file del template, cerca nelle cartelle del template quale immagine corrisponde al logo visualizzato e rinomina il tuo nello stesso modo.(segnati anche il percorso)
2. accedi direttamente dal tuo host alla cartella di joomla e cercati nelle cartelle del template che hai installato il logo, con ftp aggiungi il tuo(che hai rinominato con lo stesso nome). Il sistema ti dira' che esiste gia un file con quel nome e ti chiedra di sostituirlo, procedi con la sostituzione.
Spero di essere stato chiaro, in ogni caso con me ha funzionato.