(www.mosaicoop.it/girasole)
questa non è una sottodirectory ma una volgare sottocartella, se te la spacciano per sottodir ti truffano

si può utilizzare lo stesso database ma devi dirci in che modo intendi usarla
se hai un sito clone (identico spiccicato con le medesime estensioni) allora colleghi il database utilizzando lo stesso prefisso delle tabelle
se invece sono due siti diversi, cioè uno nella root e l'altro in una sottocartella allora utilizzi due prefissi diversi
non ci dovrebbero essere controindicazioni, basta sapere cosa si desidera ottenere in base al proprio progetto e anche lo spazio sufficiente tieni presente che un sito normale occupa meno di 10MB di database