ciao Ancer,
benvenuto sul forum di Joomla.it!
Dunque, per creare delle aree riservate per ogni utente/gruppo utenti dove rendere disponibili documenti dovresti usare un gestore di documenti come Docman o Remository.
In Remository, puoi creare dei gruppi utenti cui associare i relativi permessi di download/upload per ogni categoria (contenitore in Remository).
Joomla 1.6 avrà un ACL migliorato senz'altro, ma per gestire il tutto è necessario un gestore di documenti. Inoltre essendo ancora in Beta non è consigliata su siti di produzione.
Quanto a NoixACL è indicato se devi gestire i permessi per determinati articoli e altre risorse del sito, se si tratta di documenti, come hai indicato, va benissimo un gestore di documenti.