Ciao Veritas
Da quello che dici mi viene in mente l'uso di un componente per il download dei file come Remository o jdownload.
Questo tipo di componente permette di creare delle categorie di file che nel frontend vengono visualizzate come se fossero cartelle che possono essere sfogliate. I file in esse contenuti possono essere scaricati sul proprio pc o aperti direttamente (nel senso che vengono ugualmente scaricati e poi aperti con il programma corrispondente).
Questa è la categoria della JED nella quale sono elencati anche altri componenti simili a quelli che ho citato.
Ovviamente è possibile modificare l'aspetto grafico lavorando sui fogli di stile del componente o, meglio, utilizzando la tecnica dell'overraid. Questo se vuoi dare un aspetto visivo diverso.
Io uso RokDownloads nella intranet dell'ufficio e funziona abbastanza bene.
Purtroppo dobbiamo utilizzare windows sul quale è installato php+mysql+apache.
Buon divertimento!!
Installare e far funzionare Joomla su un server windows è un'impresa non da poco se non sai come fare. Occhio ai permessi sulle cartelle di joomla a livello di filesystem