Se la cartella A nuova ha solo 3 file significa che in quella cartella sono da sostituire solo 3 file, gli altri rimangono così come sono.
Aggiornamento non significa necessariamente sostituzione di ogni singolo file o cartella presente già dalla prima installazione, viene aggiornato solo ciò che necessita di essere aggiornato.
Come dice bigham, prendi in blocco con filezilla tutte le cartelle presenti nell'aggiornamento e buttale nello spazio web, se ti chiede di sostituire digli di sì, per quella e per tutte le altre a venire, se la vede lui, un aggiornamento è un aggiornamento.
Chiaramente il tutto preceduto da un bel backup di db, file e cartelle, mi raccomando (lo hai fatto, vero?).