Si filezilla dovrebbe dirti i file in coda che non sono andati a buon fine. Per la questione dei permessi se uno o più file non sono stati sovrascritti puoi cancellare o meglio rinominare provvisoriamente quelli in remoto, naturalmente se quelli non trasferiti sono nell'ordine di una decina. altimenti metti le cartelle a 775 nella fase di aggiornamento.