Appunto... non è che basta una lettura veloce della guida e via....
Ci vuole esperienza. Dalle domande che fai mi par di capire che non conosci tantissimo Joomla!.
Invece per poter realizzare un tuo template con Joomla! devi essere in gran confidenza.
Non è vietato neppure tenere i tuoi menù fatti in html se non riesci a fare altrimenti.
Ovviamente avrai in questo modo una gestione ibrida del tuo template e per modificare una voce di menù dovrai metter mano alla index.php del template. Mentre in joomla i menu si gestiscono a mezzo dei moduli. Prima si crea il menu e poi lo si associa a un modulo che si pubblica in una posizione del template.
Da quel poco che vedo dall'immagine a te servirebbe una sola posizione modulo per il menu (valuta la possibilità di usare imagemenu:
http://www.joomla.it/articoli-della-community/931-menu-con-immagini-rollover.html )
e la posizione per i contenuti. Tutto il resto, header, logo, footer potresti relalizzarli direttamente nel template.
Non mi sembra tanto difficile
