Senti, per capire, te quindi stai dicendo che google ti ha indicizzato anche alcune varianti di questi link?
perchè per ora a me non è mai capitato.
Mi sono accorto della cosa utilizzando l'editor JCE per linkare miei contenuti mentre scrivevo un articolo: avendo in precedenza sempre fatto la cosa a mano (cioè inserendo io il link dell'articolo), per scrupolo ho controllato se il link creato da JCE fosse uguale a quello normale dell'articolo, e non lo era: in pratica, ometteva parte dell'URL legata alla categoria.
Chiaramente ho tolto il link, e l'ho rimesso a mano.
Questo per dire che probabilmente, usando solo Joomla senza estensioni, il problema non si presenta, in quanto questi "link potenziali" non vengono mai creati.
Il problema sorge però quando estensioni di terze parti creano quei link, che a quel punto sono indicizzati dai motori diventando duplicazione (fra parentesi, ennesimo motivo per limitare le estensioni allo strettissimo necessario).
La soluzione più semplice (la migliore sarebbe che non ci fossero proprio problemi di duplicazione, chiaramente) a tutti questi problemi sarebbe integrare di default in Joomla il tag canonical, che peraltro non credo sia una cosa complessa.
