Ti rispondo nell'ordine:
provato a togliere il sef/mod_rewrite/htaccess?
-> Sì e non cambia nulla;
come fa il com_jpippo a stare sotto la root /media ?
-> Non lo so, ma anche in locale mi si è istallato così e funziona tutto; in locale ho un ambiente LAMP;
poi è un hosting linux+win e qs può causare problemi al rewrite degli url
-> Questo mi è poco chiaro, farò presenta la tua segnalazione al sistemista.