come ho scritto in un altro post stamattina, consiglierei questo:
1. per la versione di mysql, controllare si la versione (sempre un test in locale non fa mai male) ma non è di vitalissima importanza
2. preoccuparsi maggiormente della versione di PHP, se passate da 4 a 5.2.x..... in quanto molte estensioni soprattutto di terze parti hanno dei problemi.....
Personalmente il passaggio di tutti i miei lavori l'ho fatto a settembre dell'anno scorso, e i problemi sono nati più dalla versione di PHP che da mysql, che sulla metà dei miei lavori, circa una sessantina, problemi proprio non ne ha dati, a differenza della versione PHP.