Normalmente i template si modificano, per la parte "grafica", dal file .css. In alcuni casi è possibile che abbiano delle impostazioni gestibili da backend, tipo la scelta dei colori del background e dei testi, se mostrare o meno una posizione o un menù... Ma la tua domanda riguardava il fatto che il file template.css risultasse non scrivibile... Dopo una prima modifica dal backend è normale che questo risulti non scrivibile ma vuol solo dire che non è più possibile fare le modifiche via ftp, mentre puoi continuare a farle da backend. Per questo ti ho chiesto se le prende dopo che hai salvato il file da backend... Se invece non avessi fatto nessuna modifica e il file risultasse non scrivile da subito, allora potrebbe essere un problema di permessi e quindi dovresti fare come consigliava conti1 nella sua risposta.