Quel logo si chiama favicon, prova a cercare tra le immagini del template che usi un immagine chiamata favicon.ico, e la sostituisci con la tua.
Ricorda che l'estensione deve essere .ico e di grandezza 16x16 px altrimenti usa phocafavicon, un componenete che trovi nelle jed di joomla.org.
Per visualizzare la nuova favicon svuota la cache del browser.
Ciao.