Non è semplice in due o 10000 parole spiegare cosa andare a cercare ..
Faccio un semplice esempio
ti entrano in case in tua assenza e al tuo ritorno ti sembra tutto a posto ... a meno di una tua memoria fotografica difficlmente potrai capire se ti hanno fregato solo i soldi oppure la TV 1000 pollici 3d LCD oppure il cane ... ma solo giorni dopo potrai scoprire che ti hanno fregato il soldatino atlantic (anni '70) col bakuca o il francobollo delo stato di tonga ...
Quindi adesso abbiamo verificato il maggior danno e abbiamo risolto ma è probabile, anche se non sempre possibile, che chi ha attaccato il sito abbia messo qua e la qualche file, magari mascherato da immagine, che potrà richiamare quando vuole se intende attaccare di nuovo il tuo sito.
Quindi rinnovo
prima di tutto assicuyrati di non avere tu stesso virus sul tuo pC
poi, nel possibile delle tue conoscenze cerca di verificare quali file possano essere o apparire strani ... (aiutati con le date didei file stessi spesso i file modificati in date prossime al problema sono sintomo di file sospetti).