Assurdo, non mi sono accorto di un particolare...
Se navigo le categorie come detto prima, nel browser vedo che effettivamente il link non è corretto!
cioè: index.php?option=com_docman&task=doclink-listview&catid=44
mentre quello corretto è: index.php?option=com_docman&task=cat_view&gid=44&Itemid=94.
Come mai docman genera quel link? Considerando che nell'altra installazione il problema non c'è..
Se invece navigo dal menù a tendina di doclink, tutto funziona correttamente!..