Allora, risolto in parte.
In effetti, Mac OS X Server offre fra i servizi anche una wiki, la quale usa una cartella "media" proprio nella stessa directory dove attivi i web services. Disabilitando wiki, ical e blog la cartella media torna di proprietà di Joomla.
Un ultimo problema che abbiamo è legato a mod_rewrite: con .htaccess nuovo, eror.html come pafine di errore settata sul server, mod_rewrite acceso e l'opzione "Utilizza mod_rewrite" attivata, i link (voci di menu) non funzionano. Non li trova. Se in OS X Server gli diciamo che la pagina di errore è index.php (ovvero l'indice di Joomla), allora funziona. Sono aperto a suggerimenti.
Grazie a coloro che vorranno aiutarmi, in particolare a mau_develop.