Assolutamente si.
Meglio tenere le due cose separate.
Vedo che eanche in joomla.it e joomla.org continuano a pensarla allo stesso modo.
Anzi, in joomla.org gestisono con installazioni di joomla separate anche le varie sezioni del sito, tipo le estensioni, la community, i docs e via discorrendo.
Più macchinoso e complesso da gestire è un sito e peggio è, per la gestione.