Ciao, inizio con una premessa: sicuramete firefox ed IE non visualizzeranno esattamente la stessa struttura del sito, (vale per qualsiasi browser) per nostra sfortuna non sono standard e il linguaggio anche se html, il più semplice, lo interpreteranno a modo loro.
Ho visto il tuo sito con i 2 Browser, ho notato che si ridimensiona in base alla risoluzione, con 800x600 anche in IE si vede tutto centrato senza spazi laterali, personalmente dovresti agire sul html del tuo template e trovare una larghezza stabile e non + 100%.
Spero di essere stato chiaro e utile.