Ciao nanty,
il problema si ha quando si installano delle componenti direttamente dal sito, in quanto l'owner delle cartelle che crea/modifica diventa apache(credo sia apache), e quindi tu da ftp non hai i permessi per modificare. Una delle cose più veloci per poter uploadare/modificare file e permessi, è installare joomlaexplorer dal back-end.
spero di essere stato chiaro. ora nn sono sicuro ma dorebbero stare delle impostazioni che ti permettono di impostare l'owner quando si installano componenti/moduli e cosi via.
ciau.