Ti riporto le istruzioni di tonicopi:
Questo editor, come del resto l'editor di default, sceglie la cartella images/stories come predefinita ed è pure sempre images/stories la cartella predefinita di Joomla! per le immagini. Lo stesso dicasi per molte altre estensioni. Ciò non significa ovviamente che non si possa cambiare
Devi andare nel pannello di amministrazione di JCE---> Groups---> Default---> Parametri dell'editor---> e scrivere solo la parola images (senza slash) nel box Percorso directory dei file
Poi spostati nella tabs ultima a destra Parametri plugin e in Image manager---> Standard---> Percorso directory dei file scrivere anche qui la parola images (senza slash)
Salva e adesso ti dovrebbe apparire come root di JCE la cartella images del tuo Joomla!