Sì, devi disattivare non solo le opzioni seo/sef, ma devi anche rimettere a posto il file htaccess.txt senza nessuna modifica (al massimo lo puoi prendere da un pacchetto di installazione di joomla, così ti carichi l'originale senza nessuna modifica e soprattutto l'.htaccess che ora hai lo rinomini in maniera tale da non farlo interferire con il sef, rinominalo magari in pippo.old).