Ciao
Modificare in locale per poi uploadare in remoto non è il massimo per gestire un sito, per ogni cambiamento dei contenuti devi aggiornare il database, mentre per ogni cambiamento grafico o nuova installazione di estensioni devi oltre che riaggiornare il database anche aggiornare le cartelle, con notevole dispendio di tempo e incremento delle possibilià di incorrere in errori di trasferimento.
Il mio consiglio è una volta fatte le modifiche essenziali in locale, di trasferire tutto in remoto e proseguire da remoto per le piccole modifiche ed aggiornamenti dei contenuti, fatti dei backup periodici e mantieni in locale solo una copia per eventualmente sperimentare modifiche importanti prima di effettuarle direttamente in remoto.