Stiamo parlando due lingue diverse, joomla non cambia nessun permesso, ma modifica solo i file se questi sono scrivibili, e poichè il problema principale è quello che hai in partenza i file non scrivibili non risolvi nulla in questo modo.
Una cosa non mi è chiara però, ma questo server è aziendale o presso un qualsiasi hoster, in questo secondo caso perchè non tagliare la testa al toro e cambiare per evitare queste resrizioni da forca?
