Ciao
Se sei su server linux con le specifiche giuste per joomla, procedi in questo modo:
installi joomla in una sottocartella, in questo modo non interferisci con l'altro sito, quando poi sarai pronto a fare lo scambio, semplicemente elimini i vecchi file ripulendo la root anche dall' index.html , trasferisci poi al suo posto tutti i file e directory della sottocartella non dimenticandoti di aggiornare anche i riferimenti del path cartelle log e temp del file configuration.php alla nuova situazione.