Direi di evitare di agire su html e php...... non è necessario per joomla agire direttamente sul codice.
Riguardo a quel 3/4% di visite da altri motori.... io starei attendo a non perderli ed anzi, cercherei di capire come si possa innalzare tale percentuale... ma è una mia idea contro la predominanza di Google, che a mio parere non durerà per sempre!!
Se google ti penalizza che fai? uccidi il tuo sito?