Senza andare a toccare il file .htaccess il quale vi rallenta il sito man mano che si arricchisce di operazioni da fare, il problema di trasformare tutti gli indirizzi in .html da quelli senza html, si puo risolvere andando a scrivere un po di codice php nel file head.php
basta usare una request_uri per ottenere la pagina, verificare che la url non abbia l'estenzione html e di conseguenza creare la nuova url con html dopo di che
header( "HTTP/1.1 301 Moved Permanently" );
header("location: $newurl");
ed il gioco è fatto