Ciao Miri,
il sito è elaboratissimo, bel lavoro.
Non ho trovato in rete qualcosa di simile al tuo problema

L'ha sempre fatto oppure la cosa è successa all'improvviso?
Quello che mi viene in mente:
- Controlla il plugin "System - Mootools Upgrade", a volte se è attivato cozza con altre cose
- Fai un nuovo modulo login e cancella quello attuale
- Controlla la versione del php, la 5.3.x dà spesso problemi
- Disabilita moduli e plugins uno ad uno per verificare se qualcuno cozza con il login
- Verifica sul forum dello sviluppatore del template che usi se quakcun altro ha avuto lo stesso problema (essendo commerciale, dovrebbero darti aiuto)
Altro non saprei, purtroppo