Allora...la situazione a mio parere è molto strana...la spiego nel modo più esplicito possibile, perchè non so dove sia il problema.
Mettiamo caso che nel mio sito ci sia un template solo "Template1".
Io ho creato un secondo template partendo da "Template1" e l'ho chiamato "Template 2". Ho modificato il file index, il templateDetails e style.css...altre modifiche sostanziali le ho fatte per un modulo, ma non credo siano importanti.
Installo senza problemi il "Template2" e lo imposto come template per alcune sezioni del sito...
Risultato: Mi carica l'index del "Template2", ma lo style.css del "Template1"!!!! Me ne accorgo usando con attenzione FirefoxBug...non so se lo conoscete...
Cmq voi dove credete che sia il problema???