la cartella html contiene gli override del core originale di joomla, cioè quei file che consentono di modificare i componenti originali. Se ci sono dei file dentro, joomla, anzichè usare i suoi usa quelli. Quindi se metti i file del template di default nella tua cartella e hai dei problemi, non non succede nulla, basta che li cancelli e torna tutto come prima.