non ho ben capito.
intendi che nelle tabelle del db di joomla vorresti inserire in field con l'indicazione del db di provenienza in modo da evitare duplicati? esempio nell'entity 'titoli' avresti i fields 'titolo' e 'db_origine' che compongono la PK?
io metterei la solita PK autoincrement e modificherei solo check() per verificare prima di insert od updates, per maggior controllo, ovvero per la consistenza del db, puoi definire un indice unique sui due campi.
dovendo lavorare nel framework non mi allontanerei da ciò che il fw si aspetta di trovare.
ciao,
marco