Ciao Luchyfer,
probabilmente nel top menù viene caricato il mainmenu. Per quello che pubblichi a sinistra (se vuoi avere altre voci) fai un nuovo menù con un diverso nome univoco e pubblicalo nella posizione dopo aver spubblicato dalla medesima il mainmenu (che dovrebbe comunque rimanere pubblicato nel top menù). Uso il condizionale perché non hai scritto di che template si tratta.