Mi sà che forse l'unica potrebbe essere creare due cartelle nel dominio ed installare due volte joomla, con due database diversi...ma questo mi fà appesantire il sito? 
Ciao! Il problema della tua soluzione non è tanto ke il sito si appesantirebbe, ma che sarebbero due siti distinti ..amministrati distintamente in particolare (volendo potresti anche linkarne i contenuti vicendevomente)!!! Ti rassicuro sul fatto ke ciò appesantisca alkunkè ...certo sprecherai più memoria sul dominio, e in caso di utilizzo contemporaneo dell'utenza dei due siti, il computer ke hosta il web server farà un po' di fatica in più, ma non ne morirà ..è da tempo ke i sistemi operativi supportano il multitasking!
Tipicamente, salvo avere un server dedicato, questa è la norma!
Del resto cosa intendi esattamente dicendo che vuoi avere due home page??? ...mi sembra davvero una cosa priva di significato (forse ti sei espressa infelicemente?) ..come dire ke un libro debba avere due copertine distinte (..per fare un esempio)!!! Fatto diverso è se dici ke vuoi mettere due siti distinti nello stesso dominio, in tal caso la tua soluzione va benissimo (Ovviamente!)!
Cmq se per qualke strana ragione (ke solo tu sai, visto ke non l'hai detta) vuoi davvero fare un unico sito ai cui contenuti si acceda da due home page distinte, potresti fare due pagine html distinte, come home page, ke puntino allo stesso sito.
Spero di aver contribuito in qualche modo a metterti sulla strada giusta per fare quello che devi fare, semmai kiarisci ulteriormente il tuo problema.
Saluti!
