solo con i contenuti e non il codice
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infatti, volevo vedere se per caso avevo malinterpretato la tua richiesta... ma a qs punto non credo... vale ciò che ti ho detto all'inizio e ciò che ti sta dicendo francesco.
con joomla non modifichi l'extensions, vai in override con script indipendenti che ti permettono di aggiornare il cms senza perdere le modifiche.
Per modifiche di logica a pacchetti basta che copi il pacchetto lo rinomini e ti porti dietro la tua versione.
M.
Comunque se per script intendi estensioni joomla ...non ce ne sono, anche perchè su un sito di produzione non hai un versioning sicuramente.
Se sei comunque fissato col versioning di cio che modifichi, come dicevo poc'anzi, usa netbeans per sviluppare, ha tutti gli strumenti di versioning che vuoi (ed è anche una scelta intelligente usare un ide con funzionalità di test e debug)
quì trovi anche degli spunti
http://www.dillofacile.netsons.org/Debug-del-vostro-sito-JOOMLA-in-locale-tramite-Netbeans.html