Ahahah! Certo, lo immaginavo, ma tentare, per uno sprovveduto come me non ha mai scritto una riga di codice, non fa mai male (salvando prima una copia dei file che si editano).
Comunque il problema per quanto mi riguarda è risolto in quanto spostando il menù sotto l'header questo si è riallineato perfettamente, sia con firefox che con explorer (che c'entra non lo so, però mi va bene così).