si, ma se stai parlando del server remoto, stai tranquillo perchè accade un'altra cosa strana da capire per un utente mac,
una volta che joomla (e gli altri software simili) stanno dentro un ambiente lamp (linux, apache, mysql e php) non gli importa niente della macchina su cui stanno e neanche della macchina che gli spedisce gli aggiornamenti, per cui credo che nel server remoto non gliene importa niente delle tue impostazioni e linux farà le cose per bene.
salvo ulteriori stranezze, se vuoi toglierti lo sfizio di saperlo se è così, fai come segue:
a- rinomina la cartella templates come -templates e salvala sul tuo pc
b- a-rinomina di nuovo la cartella riportandola a templates
c- fai l'aggiornamento e scopri l'arcano
d- se tutto va bene cancella la cartella -templates dal tuo pc, altrimenti ritrasferiscila in remoto rinominata e ricomincia tutto dacapo.