A livello di validazione dici?
Avevo trovato anche un componente che è in grado di disabilitare il mootools addirittura per singolo componente ma ancora non sono riuscito a farlo funzionare "aimootoolscontrol".
Aggiornamento:
Dopo averci sbattuto tutta la serata ne sono venuto a capo. Dunque
Cronoforms come validatore usa la libreria mootools che fa funzionare anche i tooltips, nel mio sito uso la gallery smoothgallery che permette di inserire gallerie nei contenuti e non presenta errori di validazione, questa gallery usa mootools 1.2, invece cronoforms almeno la ver. 3.1 RC 5.5 usa mootools 1.12, con l'aiuto del plugin aimootoolscontrol e disabilitando il mootools upgrade di joomla si riesce a gestire la situazione, l'aimootoolscontrol permette di caricare la libreria mootools necessaria nel contenuto quindi utilizzando la libreria 1.2 per la gallery e facendo caricare al sito la libreria 1.12 funziona sia la validazione in albo con i relativi tooltips che la gallery.
Spero possa essere utile a qualcuno che ha i miei stessi problemi.