Ciao
Non hai clonato il database, se lo hai in comune è normale che cambiando un sito cambia anche l'altro, se vuoi indipendenza devi avere 2 database o se non ti è possibile devi importare sullo stesso database un dump delle tabelle dopo averne cambiato il prefisso. Ti spiego meglio la sequenza fai per prima l'export del tuo db, poi gli cambi i prefissi da jos_ a ios1_ poi fai l'import in modo da avere doppie tabelle , in configurazione pannello di una installazione cambi poi il riferimento dei prefissi.