Ho guardato il template (ormai m'era venuta la curiosità) ed effettivamente lì non c'è nessuna posizione lissù.
E' stranissimo che se non pubblichi il menù con la voce predefinita ti scompaiono anche gli altri menù. Riprova magari creando daccapo il mainmenù e facendo tutti i passaggi.. (ricorda che la singola voce di menù dev'essere pubblicata all'interno di un menù non pubblicato)
Se ancora non dovessi riuscire, e non proprio spiegarmi perchè. Crea una nuova posizione così.
1) Gestione moduli->Tuo menù con voce predefinita->posizione: nomenuovaposizione
2) cerca il file templateDetails.xml all'interno del template e aggiungi la nuova posizione
3) inserisci nel file html del template (index):
<?php?>
<?php if ($this->countModules('nomenuovaposizione')) : ?>
<div id="nuovo_div">
<jdoc:include type="modules" name="nomenuovaposizione" style="xhtml" />
</div>
<?php endif; ?>
<?php?>
4) Crea i fogli di stile CSS per #nuovo_div
Leggiti qiesto articolo che è molto chiaro:
http://wiki.joomla.it/index.php?title=Come_aggiungo_nuove_posizioni_modulo%3FCiao buon lavoro