Dopo varie prove, ho trovato la soluzione da sola, anche se vorrei riuscire ad approfondire di più perchè non ne ho trovato una logica (forse un sistemista può essermi di aiuto).
Ho impostato i diritti di accesso sulla cartella tmp da 755 a 777 e così sono riuscita ad installare nuovi moduli.
Ho notato che dopo l'aggiornamento eseguito via ftp sono cambiati dei diritti nelle cartelle, ed anche se in configurazione di joomla avevo impostato di utilizzare l'utente FTP non riuscivo comunque ad installare.
La cosa strana è che esce un errore generico e non di accesso e che nella tmp trovo lo zip del modulo che voglio caricare.
Sembra quasi che l'utente FTP usato per caricare i file e lo stesso che viane specificato in joomla appartengano a due gruppi di utenti diversi.
Mi resta il dubbio per quale motivo non ho gli stessi problemi su un altro sito che risiede sullo stesso server, l'unica cosa diversa è che effettivamente nel secondo ho usato le funzioni ssh per installare i file.
Metto risolto sul titolo perchè potrebbe essere utile ad altri, io fin dall'inizio ho proprio scartato la possibilità di impostare i diritti a 777. Ma se qualcuno può darmi spiegazioni più approfondite gliene sarò grata, perchè ci ho perso diversi giorni e alla fine per una cosa che si poteva risolvere velocemente, anche se con una soluzione che non mi piace molto.