quello che dici lo avevo gia' fatto, il mio problema e' mettere un secondo sito nella stessa root
nella stessa root non potresti mai e poi mai, ma puoi usare una sottocartella che sarebbe così
nomeadominio/sottocartella
e la sottocartella non avrebbe una sua root, cioè un di quelle cartelle htdocs oppure httdocs o publichtml e così via
oppure un sottodominio che sarebbe così
sottodominio.nomeadominio
che avrebbe una sua root e dei propri dns
ovviamente in entrambi i casi ti servirebbe un altro database, oppure potresti usare lo stesso database con un prefisso diverso, ma in questo caso se si rompesse perdi tutto, meglio separati.
ps
nel primo caso avresti nella root una situazione del genere
administrator
cache
componentes
.....
sottocartella_con_dentro_il_secondo_sit
o
templates
tmp
...
ecc..