Scusa avevo mal interpretato la cosa, pensavo che oltre a MySQL volessi per dire utilizzare Postgresql o altro e allora la cosa mi sembrava assurda.
Se ti riferisci invece al db strettamente e non al motore, direi che la cosa non cambia, magari potresti tenerlo nello stesso db, per una ragione di ordine e inventarti un prefisso diverso... magari smf_