Ciao pieroprogetto,
nella home di jooma.it c'é un bellissimo articolo che spiega come usare jupgradePro per migrare joomla!.
Temo però, ma spero di essere smentito, che nel tuo caso ci sia uno "step" in più è cioè prima la migrazione almeno da 1.0.x a joomla 1.5.x sempre usando una più vecchia versione di jupgrade (la nuova non funzionerebbe).
Ho dato un occhiata al sito è il template sicuramente lo perdi, jupgrade ti iuta a migrare perfettamente i contenuti, gli utenti.. ma non template, plugin o moduli... quelli te li dovrai procurare nuovi e più aggiornati o sostituirli con qualcosa appunto di "moderno"...
spero ti sia sufficiente come risposta.