Ciao AlexxandroP
Premesso che Joomla è nato per funzionare su server Linux il problema, come hai giustamente intuito, è di permessi sul filesystem.
La gestione dei permessi (scrittura, lettura, esecuzione) è nettamente diversa tra i due sistemi operativi. In linux si ha la possibilità, utilizzando comandi inviati da un client ftp (filezilla per capirci) di modificare i permessi mentre in windows la cosa diventa moooolto complicata ed è solo l'amministratore del server a poterli modificare.
In buona sostanza usare Joomla su server windows pone una serie di problemi (come l'installazione di estensioni) che sono si risolvibili, ma non con la stessa "semplicità" con cui si possono gestire su linux.
Tra l'altro su sistemi linux con web server Apache viene installato il modulo
suPHP che risolve quasi completamente qualsiasi problemi di proprietà/permessi su file e cartelle di un sito web Joomla.
Ciao