In generale è sconsigliato collegarsi al db (db Joomla, si intede..) in un ambiente differente da Joomla..
Nel senso: se ci si connette all'interno di un componente, di un modulo o di un plugin nessun problema (se si utilizzano classi e metodi del framework ), per il resto si è sempre soggetti a rischi (comunque si utilizza un db che contiene dati sensibili, come i dati personali degli utenti e i contenuti del sito).
Potresti pensare di utilizzare un secondo database, che contiene solo i dati necessari.
