Ciao,
hai un backup recente del sito prima che venisse hackerato? Solo così puoi ripristinare il sito hackerato e lo devi fare via ftp non dal pannello di amministrazione del sito.
Se non hai un backup del sito allora la faccenda diventa alquanto più complessa.
Scusa se ti contraddico, visto che ultimamente stanno effettuando lo stesso attacco, mi permetto di scrivere poche righe.
per prima cosa consiglio sempre di guardare da dove sia entrato l'hacker e cosa abbia modificato.
Secondo luogo, dici che puoi entrare dall amministrazione, non hai problemi lato ammnistrativo e quindi l'hacker non ha avuto accesso al tuo pannello.
Controlla che non sia stato inserita una semplice pagina, come fefault.html o index.html che non ha nulla a che fare con joomla.
Perchè se c'è una pagina in piu come index o default, un backup diventa inutile, perchè continuerà visualizzare la nuova pagina esterna a joomla.